Prześladowania ludności żydowskiej rozpoczęły się prawie natychmiast po wkroczeniu do Krakowa wojsk niemieckich. Od listopada 1939 r. wszyscy Żydzi powyżej 12 roku życia musieli nosić opaski identyfikacyjne z gwiazdą Dawida. Nie wolno im było chodzić po chodnikach, tylko skrajem jezdni, nie mogli korzystać z transportu miejskiego, przebywać w parkach. Zostali pozbawieni prawa do pobierania rent i emerytur, zamykano synagogi. Byli szykanowani i nieustannie nękani kolejnymi zarządzeniami okupanta, pogarszającymi ich sytuację.
Wszyscy Żydzi od 14 do 60 roku życia poddani zostali przymusowi pracy i kierowani do szczególnie ciężkich i upokarzających zajęc. Niemcy przejęli mienie żydowskie: firmy, sklepy, kamienice, oraz zagarnęli kosztowności i dzieła sztuki.
W kwietniu 1940 r., kiedy wydano rozkaz wysiedlenia Żydów z Krakowa, większość z nich zostało wysłanych poza granice miasta. Z populacji liczącej około 64 000 mieszkańców w Krakowie mogło pozostać tylko 15 000.
Getto krakowskie powstało 3 marca 1941 roku, kiedy to Otto Wachter, gubernator dystryktu krakowskiego, wydał rozporządzenie, iż "ze względów zdrowotnych i policyjnych" konieczne jest utworzenie "żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej". (Getto krakowskie 1941-1943, Anna Pióro. Opublikowane przez Muzeum Historyczne Miasta Krakowa.)
Getto zlokalizowane było w dzielnicy Podgórze, a jego teren zamieszkiwało w sumie 18 000 Żydów - nie tylko z samego Krakowa, ale także z sąsiednich gmin. Przed utworzeniem getta na takim samym obszarze żyło około 3 000 ludzi.
Jeden z polskich świadków napisał:
"Musieliśmy przekroczyć Wisłę, podobnie jak wiele innych rodzin. Na jednym brzegu byliśmy my - przybyli z Podgórza, na drugim Żydzi, którzy przybyli z Kazimierza. Pamiętam ciszę tej przeprowadzki. Ta cisza zamieniła się w żałobę przepełnioną westchnieniami." (www.death-camps.org)
Archiwalne materiały filmowe dotyczące przesiedlenia dostępne są w Amerykańskim Muzeum Pamięci Holokaustu.
Na terenie getta znajdowały się dwie fabryki, fabryka Madritscha, położona na Rynku Podgórskim i zakłady Optima, zlokalizowane pomiędzy ul. Węgierską 3 a ul. Krakusa 7. Obie wspomagały niemiecki wysiłek wojenny, wykorzystując pracę przymusową mieszkańców getta. Nie zachowały się żadne widoczne ślady tych fabryk, ale na budynku przy ulicy Krakusa 7 wciąż można zobaczyć oryginalny szyld Optima.(Znana z filmu Spielberga fabryka Schindlera znajdowała sie poza granicami getta).
Życie w getcie było jednym pasmem koszmaru - życiem w izolacji od świata, w zagęszczeniu i głodzie. Choroby dziesiątkowały ludność. Ginęli ci, którzy w celu zdobycia pożywienia i lekarstw ryzykowali wyprawy poza mur getta. Karą dla nich było rozstrzelanie.
Pomimo warunków panujących w getcie jego mieszkańcy nie spodziewali się tak tragicznego końca. Od marca 1942 miały miejsce wywozy do obozów śmierci. W czerwcu i październiku 1942 roku nastąpiły dwie największe, liczące po kilka tysięcy osób, deportacje do obozów śmierci. Transporty odchodziły ze stacji Płaszów, wcześniej jednak mieszkańców getta spędzano na Plac Zgody. Plac Zgody nosi obecnie nazwę Placu Bohaterów Getta.
Teren getta spłynął krwią, ponieważ Niemcy urządzali masakry podczas selekcjonowania ludzi do obozów śmierci - na miejscu poniosły śmierć setki osób. Rozstrzelano pacjentów szpitala i dzieci z sierocińca. W pomieszczeniach fabryki Optima przetrzymywano uwięzionych w ekstremalnych warunkach bez wody i pożywienia przed deportacją do obozów.
Ostateczna likwidacja getta nastąpiła 13 i 14 marca 1943 r.: zdolnych do pracy skierowano do obozu koncentracyjnego w Płaszowie, osoby starsze, słabsze i dzieci rozstrzelano na miejscu w liczbie ok. 2 000, drugie 2 000. przewieziono do Auschwitz-Birkanau, ok. 4 000 przepędzono do obozu w Płaszowie.
Jednak nawet w tych warunkach wykazywano się bohaterstwem i oporem. Najbardziej znanym przypadkiem jest działająca w getcie apteka Tadeusza Pankiewicza; funkcjonowała również Żydowska Organizacja Bojowa, ale w związku z realiami życia w getcie jej możliwości ataku były mocno ograniczone. Dlatego też Organizacja działała poza granicami getta. Po zamachu w centrum Krakowa na kawiarnię Cyganeria, przeznaczoną dla Niemców przywódcy ŻOB zostali złapani i wykonano na nich egzekucję.
Do dzisiejszego dnia zachowało się bardzo niewiele śladów po getcie. Najwidoczniejszą chyba pozostałością są fragmenty jego murów przy ul. Lwowskiej; umieszczono tam tablicę, na której widnieje napis:
"Tu żyli, cierpieli i ginęli z rąk hitlerowskich oprawców. Stąd wiodła ich ostatnia droga do obozów zagłady."
Szczególną uwagę warto także zwrócić na pomnik znajdujący się na Placu Bohaterów Getta - puste krzesła rozmieszczone na samym placu oraz przystankach tramwajowych. Miejsce pamięci zostało oficjalnie otwarte w grudniu 2005 r. i jest dziełem dwóch krakowskich architektów, Piotra Lewickiego i Kazimierza Łataka.
Inspiracją i powodem takiego właśnie zaaranżowania przestrzennego projektu była relacja świadka ówczesnych wydarzeń, przytoczona w książce Pankiewicza "Apteka w getcie krakowskim". Opisany w niej został obraz ulic getta po ostatecznej likwidacji: przejmujący widok mebli i dobytku pozostawionego przez mieszkańców, z których większość została zamordowana lub wywieziona na śmierć.