Historia synagogi Izaaka datuje się od XVII w. Została założona przez Izaaka Jakubowicza, jednego z najmajętniejszych Żydów w Krakowie. Otworzono ją pomimo protestów mieszkańców chrześcijańskiej części Kazimierza; ich niezadowolenie wzięło się z faktu, iż synagoga miała być największym budynkiem w okolicy. I nie tylko największym - również jej wyposażenie było niezwykle bogate.
Za projekt i budowę synagogi odpowiedzialni byli dwaj Włosi - Giovanni Battista Trevano i Giovanni Falconi. Część główna składa się z sali modlitewnej dla mężczyzn i galerii dla kobiet. Galeria mieści się na piętrze i jest oddzielona od sali głównej arkadami z kolumnami w stylu toskańskim.
W czasie nazistowskiej okupacji bogate wnętrze synagogi zostało zniszczone, a budynek wykorzystywano jako magazyn. To właśnie tutaj w grudniu 1939 r. jeden z esesmanów zastrzelił urzędnika gminy żydowskiej, gdy ten odmówił spalenia zwojów Tory.
Po wojnie synagoga przestała być własnością gminy żydowskiej. W latach pięćdziesiątych przeszła w ręce Związku Artystów Plastyków i była wykorzystywana jako pracownia rzeźbiarska aż do roku 1969. Lata siedemdziesiąte okazały się dla budynku tragiczne - został poważnie zniszczony w wyniku pożaru i zamienił się praktycznie w ruinę.
W roku 1983 podjęto się restauracji synagogi i rozpoczęły się prace renowacyjne. W 1994 r. odkryto malowidła ścienne, które zostały częściowo zrekonstruowane. W 1998 prace renowacyjne objęły także pomieszczenia pełniące funkcje wystawowe.
Obecnie synagoga Izaaka znów działa. Jest otwarta dla turystów i mieści stałą wystawę, na której można obejrzeć dwa zupełnie różne filmy poświęcone życiu Żydów:
"Krakowski Kazimierz" (1936) oraz "Przesiedlenie do getta krakowskiego" (1941).
Znajduje się tu również kolekcja fotografii historycznych, ukazujących nie tylko żydowskie codzienne życie, ale również zagranicznych dygnitarzy odwiedzających miejsca związane z kulturą żydowska w Polsce. W synagodze odbywają się koncerty i spotkania. Można tu również znaleźć ulotki informacyjne i szereg pozycji książkowych.
Godziny otwarcia i cennik:
Synagoga jest otwarta codziennie oprócz sobót i świąt żydowskich od 9:00 do 19:00.
Bilet wstępu kosztuje 7 zł, a jesli ktoś chce robić zdejcia dopłaca 10 zł.
Jesienią, zimą i wiosną w piątki synagoga jest zamykana wcześniej, w zależności od pory zachodu słońca. Ta sama zasada jest stosowana każdego dnia poprzedzającego święta żydowskie - wtedy właśnie zachód słońca wyznacza godzinę zamknięcia.